MacのTeXエディタTexShopと文献管理ソフトBibCompanionのお話。
TeXって何?という方はスルーして下さい。
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TeXのソースは単なるテキストファイルなので、極端な話メモ帳でも書けるのですが、コマンドを色分けしたりマクロを利用したりしないととてもじゃないですがやってられません。
そこで私のおすすめはこちら
for Win:
L'ecrivain for Mac:
TeXShop(L'ecrivainは作者のページに行けなくなってたのでVectorへのリンク、TeXShopはMacWikiへのリンクです。)

いまはMacがメインなのでTeXShopについて簡単に紹介します。
TeXShopはオレゴン大のR. Koch教授が中心になって開発されているソフトで、日本人の方が開発に参加されているので日本語環境にも対応しています。
ソース編集→プレビュー→印刷をこなす統合環境で、ギリシャ文字や行列入力用パネル、マクロ機能など入力支援も充実。
AppleScriptマクロも使用できるので、例えばタイプセット後にAdobeReaderに出力を渡したり、コマンド呼び出しのダイアログを自分で作成したりもできます。
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エディタがいくら便利とはいっても、中身のTeXをどう書けば良いかまでは教えてくれません。
修論を書くに当たって参考文献をthebibliography環境で書くかBibTeXを使うかで迷っていました。
thebibliography環境は
¥begin{thebibliography}{99}
¥bibitem[label1]{key1} 参考文献1
¥bibitem[label2]{key2} 参考文献2
¥end{thebibliography}
などとしてソースに書き込むやり方です。
学部のときはそれほど参考文献が多くなかったのでこれで単に並べただけでしたが、後になって参考文献をソートしようとして苦労した覚えがあります。
Bibtexではまず文献データベースを.bibファイルに作っておき、¥citeコマンドで引用されているレコードだけ抽出して参考文献リストを作成します。
ちなみに.bibファイルは
@article{deGennes:EPJE7:2002,
author = "P. G. de Gennes",
journal = EPJE,
pages = "31-34",
title = "Solvent Evaporation of Spin Cast Films",
volume = 7,
year = 2002}
といった書式のレコードの集まりです。
.bibファイルと対応する¥citeコマンドを含む.texファイルが書けたらコンパイルします。
コンパイルの流れは以下の通り。
.tex ----LaTeX(1回目) ----> .aux
.aux + .bib ----BibTeX----> .bbl
.tex + .bbl ----LaTeX(2回目) ----> .aux
.tex + .bbl + .aux ----LaTeX(3回目)----> .dvi
LaTeX3回、BibTeX1回と何回もコンパイルしないといけませんが、TeXShopにこの処理を行ってくれるマクロがデフォルトで入っているので、それほど問題ではありません。
最初にデータベースを作るのが面倒ですが、一度作ってしまえばあとは本文に¥citeコマンドを入れるだけ。何も考えなくても並べ替え・置換してくれます。
研究室で同じ分野を研究している人がいたら.bibファイルを使い回すことで無駄を省くこともできます。
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さて、ここでようやく本題です。

このデータベースを作成するのにオススメなのがタイトルにも書いた
BibCompanion。
商用の文献管理ソフトならEndNoteやGetARefなどがありますが、BibCompanionはフリーでも十分使えるソフトです。
●文献のタイトルや著者名をコピペすると、添字などをうまく整形して貼付けてくれるスマートペースト機能。
●作成した文献データベースから、検索条件を指定してライブラリ(データベースのサブセット)を自動で作成できるスマートライブラリ機能。
●PDFや画像ファイルの関連づけ、HTMLやRTFへの書き出し
などなど。かゆい所に手が届く機能がてんこもり。
TeXで参考文献リストを作成するためだけではなくて、普段の文献管理・活用にも利用できるのでとても便利です。
研究でMacを使われている方は試してみてはいかがでしょうか。
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追記
Winでの文献管理には
Ref for Windowsが良さげです。